在反渗透脱盐系统中，膜的选择透过性，使水分子不断从高压侧透过膜，而溶质分子仍残留于原溶液中，导致膜表面上的料液和进口料液之间产生一个浓度差，严重时会产生很高的浓度梯度，这种现象称为浓差极化。浓差极化使料液渗透压增大，有效推动力减小，造成透水速度和脱盐率下降。
2、无机盐结垢
CaCO?、CaSO?、BaSO?、SrSO?、CaF?及SiO?等溶度积较小的盐类，在反渗透过程中可能会因浓缩超过其溶度积而析出，产生沉积物停留在膜表面上或在进水通道内形成水垢。
3、吸附性污染
属于苦咸水范围的某些井水水源一般含有低价铁离子和锰离子，具有一定还原性，此类水源造成膜污堵的主要原因就是铁、铝、锰等在膜表面产生胶体颗粒污堵。当O2进入含Fe2+的进水中，高碱度水源形成碳酸铁、硅酸铁，还原菌在掺和进来，铁垢形成越来越快，铁絮凝剂转化引起的胶体状铁。金属污染后的特征表现是产水量下降，压差上升。4、生物污泥的形成
来源于地表水和污水的水源，遇到的问题多半是生物污泥。当膜表面覆盖生命力旺盛的微生物污泥时，膜所除去的盐类将陷于黏层中，不易被水冲走，为微生物繁殖提供了丰富的营养物质，与此同时反渗透进水前预处理时加入的阻垢剂、软水剂等又能促进微生物生长。
5、胶体物污染
地下水及地表水均含有铁、铝、硅、有机质等物质，它们和预处理时加入的混凝剂、助凝剂、阻垢剂等形成胶体沉积在膜表面造成胶体污染。胶体物污染难处理是由于带有同种电荷，比较稳定，不易沉降，但在RO膜过滤水时被截留在膜表面，形成水合物，易污染膜，导致水通量下降。一般这种趋向用污染指数(SDI)进行评价。通常当SDI＜3时，膜表面不产生此类污；当SDI＞3时，会发生污堵。
6、水锤现象
对于反渗透系统，由于设计的不合理，在开始调试阶段，装填膜的膜壳内有大量的空气，当待处理液瞬间进入膜壳时，由于空气具有可压缩性，且瞬间不可能完全排尽；当空气在膜壳内达到一定压力时，会突然爆破释放，引起反渗透膜在膜壳内相互撞击、挤压以及窜动，产生“水锤”现象。在反渗透系统中，水锤的危害在于造成无法恢复的反渗透膜元件损伤。当然，这种现象也可以通过完善的设计而避免。
7、悬浮颗粒物
保安过滤器会因“短路”或缺陷造成过滤介质、腐蚀碎片及异物（如小芯绒线）等的泄漏或反渗透初次投用冲洗不彻底时，可能使膜元件受到污染，使进水通道堵塞以及膜面上形成非晶体沉淀。但这种情况较少遇到。
8、其他因素造成的污染
碳氢化合物和硅酮基的油及脂类覆盖于膜表面，致使膜受到污染；膜的水解、有机溶剂及氧化性物质侵蚀等也会造成膜材料的本质改变。
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