除了大肠杆菌有明确的规定外，其他的细菌一起不许超过100 个 /ml。在纯化水设备制水的过程中，还会存在内部污染，纯化水设备中各种水处理装置都有可能成为污染源。所以一定要经常对纯化水设备进行清洗和消毒，另外，纯化水设备的末端还应该安装杀菌消毒装置。
水处理系统设备的管路分配系统由循环管路代替了传统的送水管路，这两个特点都是为了控制微生物污染和细菌内毒素的增加。同时，还要注意管内流速对微生物繁殖的影响，即管道内的流速过低或者堵塞，就可能造成微生物的繁殖增多，影响水质。
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